O tempo de vida médio do Maine Coon é de 12 anos e meio. É geralmente uma raça saudável e resistente e se adaptam para sobreviver. A ameaça mais grave é a cardiomiopatia hipertrófica felina (CMH), a doença cardíaca mais comum observada em gatos, seja de raça pura ou não. Em Maine Coons, pensa-se que pode ser herdada de forma hereditária. HCM é uma doença progressiva e pode resultar em insuficiência cardíaca, paralisia das patas traseiras devido a embolização de coágulos originária no coração, e morte súbita. De todos os Maine Coons testados para a mutação MyBPC no Laboratório de Genética Veterinária Cardíaca da Faculdade de Medicina Veterinária localizada na Universidade Estadual de Washington, cerca de um terço foi positivo. Nem todos os gatos que resultaram positivo terão sinais clínicos da doença. Alguns gatos Maine Coon com sinais clínicos de cardiomiopatia hipertrófica resultaram negativo no exame de mutação, sugerindo que uma segunda mutação existe na raça. Outro potencial problema de saúde é a atrofia muscular espinhal (AME), outra doença herdada geneticamente que causa a perda dos neurônios da medula espinhal que ativam os músculos esqueléticos do tronco e membros. Os sintomas são normalmente vistos dentro de 3 a 4 meses de idade e resultam em atrofia muscular, fraqueza muscular e uma expectativa de vida mais curta.
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